투자 및 인수 회사를 인수하기로 했는데
뭘 해야 할지 모르겠어요.

비특관자면 각자 합의한 가액으로 거래하여도 일반적으로 문제가 되지 않습니다.
다만, 별도로 신고로 필요한 거래 혹은 거래가액이 큰 경우에는 백업 목적으로 합의한 거래가액이 합리적인지 평가를 받는 경우도 있습니다.
특관자라면 세법상 시가에 따라 거래하지 않을 경우 생각하지 않은 세금이 발생할 수 있으므로, 반드시 세법상 시가를 확인하고 이에 따라 거래를 해야 불필요한 세금 지출을 막을 수 있습니다

인수대가는 현금으로 주는 것이 가장 일반적이지만, 거래 당사자간의 협의만 이루어진다면 대가를 무엇으로 지급하여도 무방합니다.
법인이 인수할 경우 인수하는 법인이 신주를 발행하여 이를 피인수법인의 주주에게 지급하는 경우도 많습니다.

인수법인과 피인수법인 주주 사이에 특수관계가 없고 각 거래의 거래금액 차이가 크지 않다면 큰 문제가 되지 않습니다.
거래금액이 30% 이상 차이가 날 경우에는 거래금액 차이에 대한 합리적인 소명이 필요할 수 있습니다.
특수관계가 성립되는 거래당사자가 있을 경우에는 반드시 다른 비특수관계자간의 거래가액을 참고하여 거래가액을 산정해야 합니다.

인수법인은 일반적으로 세금이 발생하지 않습니다.
그러나 피인수법인의 주주는 주식을 양도한 대가와 당초 취득가액과의 차이를 양도소득세(법인이면 법인세)로 납부해야 합니다.

인수법인이 기존에 보유하고 있던 다른 법인의 지분을 인수대가로 지급할 경우에 피인수법인 주주는 양도소득세(법인이면 법인세)를 납부해야 할 뿐만 아니라, 인수법인 역시 보유하고 있던 주식의 양도차익에 대하여 법인세를 납부해야 합니다.

상법상 주식의포괄적교환 (신주를 발행하여 주식을 100% 인수) 에 해당하면서 지급대가의 80% 이상을 주식으로 지급하는 경우에는 주식의 포괄적교환에 대한 과세특례 제도를 통하여 피인수법인 주주가 납부해야 할 양도소득세(법인이면 법인세)를 이연할 수 있습니다.
그 외 여러가지 요건이 있으며, 구체적인 검토가 필요하므로 세무전문가의 자문을 받아 진행할 필요가 있습니다.

계열사간 지분구조를 조정하는 것은 현재의 지분구조, 각 법인의 세무상 평가액, 기타 거래 제반사항 등을 고려하여 다양한 법적형식 중 세무상으로 가장 유리한, 즉 세금부담이 가장 적은 거래형식을 찾는 것이 중요합니다.
이 경우 거래 순서 등 작은 차이에 따라서도 세금부담이 크게 달라질 수 있어 반드시 세무전문가의 자문을 받아 가장 유리한 거래구조와 이에 따른 세금 부담액을 사전에 검토할 필요가 있습니다.

합병은 법적 절차에 따라 2개의 회사가 1개의 회사로 완전히 합쳐지는 과정입니다.
불필요한 법인을 정리하면서 그 사업과 계약 등은 그대로 유지할 수 있으나, 절차가 복잡하고 시간이 오래걸리며 거래비용이 클 수 있습니다.
인수는 단순히 지분을 취득하는 것으로, 50%를 초과하여 보유할 경우 실질적인 지배력이 생기며 100% 지분을 보유하면 경제적으로는 합병과 동일한 효과를 낼 수 있습니다.
법인을 따로따로 운영해야 하지만, 필요한 경우 지분을 별도로 거래할 수도 있으며 지분인수는 합병과 비교하면 매우 단순하므로 간편합니다.

비특관자는 일반적으로는 별도의 평가가 필요하지 않습니다.
다만, 이해관계자(다른주주, 국세청, 기타 국가기관 등) 설득 혹은 신고 등 다양한 목적의 거래 증빙으로 필요할 수 있습니다.
특관자의 경우 시가 평가가 필요합니다.
구주거래가 있는 경우 해당가액이 시가에 해당할 수 있으며 시가에 해당하는 구주거래가 없을 경우에는 별도의 상증법상 보충적평가가 필요합니다.

인수과정에서 회사가 제시한 재무정보를 확인하는 것을 재무실사 (Financial Due Dilligence, FDD) 라고 합니다.
특히, 외부감사를 받지 않는 회사라면 회사가 고의적으로 재무정보를 속이지 않더라도 각종 오류나 정리되지 않은 사항이 있을 수 있으므로 반드시 인수 이전에 FDD 를 통해 재무정보를 검증할 필요가 있습니다.

실사의 가장 기본적인 업무범위는 회사의 기본 재무정보이자 인수 대상인 자산/부채의 확정입니다.
그 외에도 인수자와 실사자의 업무범위 협의에 따라 공헌이익분석, 손익분기점 분석, 매출 분석, 품목별 혹은 매장별 손익 등을 추가로 분석할 수도 있습니다.
또한, 세금 이슈가 중요한 회사라면 세무실사 (TDD) 를 통하여 과거 세무신고 내역의 적정성과 위험성을 확인할 수도 있습니다.

가장 먼저 인수 구조에 대한 적정성과 각 이해관계자의 세무 검토가 필요합니다.
필요한 경우 인수회사에 대한 실사를 통해 재무정보를 검증하고 이후 운영에 필요한 정보를 획득할 수 있습니다.
인수회사를 직접 관리할 여력이 없다면 외부기장 혹은 외부자문을 통해 도움을 받을 수 있습니다.

인수법인과 피인수법인이 모두 법정 외부감사대상에 해당한다면, 연결재무제표 작성이 필요할 수 있으나 그렇지 않다면 연결재무제표를 법적으로 작성할 의무는 없습니다. (일반기업회계기준)
다만, 투자사에서 연결재무제표를 받아보고싶어하는 경우, 대주주가 내부 손익관리목적으로 필요한 경우에는 회사에서 자체적으로 연결재무제표를 작성할 수 있습니다.
연결재무제표 작성은 단순하게 두 회사의 재무제표를 합치는 것이 아니라 두 회사를 하나의 회사처럼 재무제표를 다시 작성하는 과정으로 작성경험이 있는 실무자가 없다면, 회계법인의 도움을 받아 작성 대행을 맡기거나 작성 교육을 의뢰할 수도 있습니다.